小规模企业支付的运费的增值税不能进行抵扣，对于一般纳税人而言，企业购进商品或者材料等所支付的运费，可以根据对方开具的增值税发票上的税额进行勾选认证后抵扣，其抵扣方式和其他增值税专用发票一致，分录为，

借：原材料—XX材料—运费，

应交税费—应交增值税—进项税额，

贷：应付账款等。