农民工专户直接付款，会导致货币资金减少，资产减少计入贷方核算，同时会增加工程施工—合同成本等科目发生额，工程施工增加计入借方核算。

农民工专户直接付款的账务处理是，

借：工程施工—合同成本，

贷：银行存款。