经济补偿金代扣代缴需要做在工资表里，根据财政部、国家税务总局《关于个人与用人单位取得的一次性补偿收入免征个人所得税问题的通知》中规定：个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入（包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费用），其收入在当地上年职工平均工资三倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过的部分按照《国家税务总局关于个人因解除取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》计算征收个人所得税。