住院做胃肠镜检查医疗保险可以报销。医疗保险一般可以对因为疾病或意外而导致发生的合理且必要的医疗费用进行报销，包括住院医疗费用、住院前后门急诊医疗费用等，因此，住院做胃肠镜检查所发生的医疗费用，医疗保险通常是可以进行报销的。不过，如果只是门诊做胃肠镜，不住院的话，就只能用专门的门急诊险才能进行报销了。