在查询开出去的专票对方是否已经抵扣时，主要有以下几种方法：
1. 企业自身的系统查询：大部分企业都有自己的财务系统，通过该系统可以方便地查询专票对方是否已经进行抵扣。
2. 税务机关的查询系统：企业也可以选择使用当地税务机关提供的查询系统，通过该系统可以查询到相关的信息，确认专票是否已经被抵扣。
3. 查询对方提供或展示的相关文件：企业还可以要求对方提供账单或者发票，通过这些文件可以确认对方是否对专票进行了抵扣。
此外，关于抵扣的相关规定，企业在抵扣专票时需要符合一定的规定，例如被抵扣专票的票据号码和开票单位需要与抵扣方保持一致，同时，抵扣方还需要提供有效的减税凭证，才能成功进行抵扣。
在进行抵扣记账时，企业也需要按照相关规定，将抵扣的专票的金额进行相应的记账，这样不仅方便税务机关查询，也有利于进行相关的审核。
总的来说，企业在处理专票抵扣问题时，需要掌握多种查询方法，同时也要了解并遵守相关的规定，以确保抵扣过程的顺利进行。