发票在经济活动中扮演着重要的角色，其功能主要体现在以下几个方面：
首先，发票作为记录各种经营活动实际发生或完成情况的书面证明，是经营活动中有关当事人凭以收付款的原始凭证。由于发票上载明的经济事项较为完整，既有经济业务活动的内容，又有填制单位印章、经办人签章、监制机关、自轨号码等内容，因此，发票具有法律证明的效力。
其次，发票是加强财务会计管理，保护国家财产安全的重要手段。通过对发票的管理，可以有效地监督和控制企业的财务活动，防止财务风险的发生，保障国家财产的安全。
再次，发票是维护经济秩序的一个重要工具。发票具有证明的作用，在一定条件下兼有合同的性质。通过发票的使用，可以规范市场经济秩序，打击非法经营活动。
最后，发票是加强部门和行业管理的重要手段。税务机关运用发票的特殊功能，在配合有关部门打击投机倒把、实行某类商品专营、加强行业管理等方面，发挥了重要的作用。
然而，并非所有的发票都可以进行抵扣勾选。例如，异常增值税扣税凭证、已作废的发票、之前所属期已确认用于其他用途的发票、已用于冬奥会退税的发票、已全额冲红的发票等，都是不能进行抵扣勾选的。这些规定旨在保证税收政策的公平公正执行，防止税收漏洞的出现。