员工垫付的费用在报销时，需要遵循企业财务管理制度的要求填写相应的报销单。首先，员工应填写详细的费用明细，包括费用发生的时间、地点、原因等信息。然后，由对应的业务负责人对报销单进行审核，确认费用的真实性和合理性。
审核通过后，报销单交由财务部门进行处理。财务人员根据支付费用的项目，将费用入账。例如，如果员工垫付的是车费，那么财务人员会在管理费用—差旅费—车费等项目中记录这笔费用。
最后，出纳根据入账信息进行付款报销。出纳会将报销款项支付给员工，以弥补其垫付的费用。同时，出纳还会在账簿中记录这笔付款，以便于后续的财务核对和审计。
总的来说，员工垫付的费用报销是一个涉及到多个部门的复杂过程。每个部门都需要严格按照企业财务管理制度的要求进行操作，以确保费用的合规性和准确性。