公司车船税缴纳方式有四种。首先，在购买机动车第三者责任强制保险时，各保险公司会代收代缴车船税。其次，纳税人也可以在市地税局委托代征单位设立的车船税便民服务窗口缴纳车船税。此外，船舶纳税人在办理登记或检验的同时也需要缴纳车船税。最后，对于没有代收代缴车船税的车船，纳税人应当向主管地方税务机关自行申报缴纳车船税。
如果需要办理补税、免税、退税手续，那么属于单位车辆的纳税人需要到其税务登记地主管地方税务机关办理手续；而属于个人车辆的纳税人则需要到行驶证注明的住址所在地区县地方税务机关办理手续。