当公司购进货物时，支付的运费应计入所购进货物的成本中。对于一般纳税人来说，如果获得了运费专用发票，还可以抵扣相应的进项税额。
然而，如果企业是销售货物并支付了运费，那么这笔费用应该计入销售费用中的运费科目。具体的会计分录如下：
借：库存商品—XX商品—买价 库存商品—XX商品—运费 应交税费—应交增值税—进项税额 贷：应付账款
在上述分录中，库存商品—XX商品的买价和运费分别代表该商品的实际购买成本，包括货物本身的价格以及与之相关的运费。而应交税费—应交增值税—进项税额则表示可以用于抵扣税款的进项税额。最后，应付账款则是企业需要向供应商支付的货款。
通过这样的会计处理，企业能够准确地记录和核算购进货物时的运费成本，并在需要时进行进项税额的抵扣。同时，对于销售货物并支付运费的情况，也能够将相关费用正确地计入销售费用中，以便进行后续的盈亏分析和经营决策。