当单位收到三代手续费后，如果这笔费用将支付给申报人员，账务处理方式如下：

借记银行存款科目。

贷记其他应付款—某某员工科目。

反之，若单位收到三代手续费后决定不支付给申报人员，则会计分录为：

借记银行存款科目。

贷记营业外收入—其他科目。