（一）土地增值税的处理：

根据国家税务总局《关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号），房地产企业如果逾期开发，所缴纳的土地闲置费将不能在计算土地增值税时扣除。

（二）企业所得税的处理：

依据《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发〔2009〕31号），第二十二条明确指出，企业因国家无偿收回土地使用权而产生的损失，可以按照财产损失的规定在税前进行扣除。此外，第二十七条规定了开发产品计税成本支出的具体范围，包括为获得土地开发使用权而支付的各项费用，如土地买价或出让金、市政配套费、契税等。

（三）土地闲置费用的土地增值税和企业所得税处理的区别：

按照《中华人民共和国企业所得税法》的规定，土地闲置费可以被计入开发产品的计税成本并在税前扣除。同样地，因国家无偿收回土地使用权造成的损失也可以作为财产损失在税前扣除。然而，根据国税函〔2010〕220号文件的规定，对于房地产企业来说，逾期开发所产生的土地闲置费在计算土地增值税时是不被允许扣除的。这意味着在进行土地增值税清算时，房地产企业不能再沿用企业所得税的方法来计算土地成本。