在处理国产设备的增值税退税时，该款项应计入公司的利润总额，并在计算企业所得税时予以考虑。

当计提企业所得税时，账务处理流程如下：

借记：所得税费用，

贷记：应交税费—企业所得税。

而在缴纳企业所得税的过程中，具体的账务操作为：

借记：应交税费—企业所得税，

贷记：银行存款。