允许退还的增量留抵税额计算方法如下：

增量留抵税额 × 进项构成比例 × 60%。

其中，进项构成比例是指从2019年4月至申请退税前一税款所属期内，已抵扣的增值税专用发票(含税控机动车销售统一发票)、海关进口增值税专用缴款书、解缴税款完税凭证注明的增值税额占同期全部已扣抵进项税额的比重。