总公司和分公司可以独立核算的，双方独自核算即可。独立核算单位一般应同时具备以下条件：（1）具有法人地位的经济单位；（2）有完整的会计工作组织体系；（3）独立编制财务收支计划和资金平衡表，自行计算盈亏。

资金往来时：

借：其他应收款-分公司，

贷：银行存款。

分公司收到资金的时候：

借：银行存款，

贷：其他应付款-总公司。