当新购固定资产因管理不当而丢失时，会计处理方式如下：

首先，需要记录损失的固定资产和相关税费。

具体操作为：

借方：待处理财产损益；

贷方：固定资产；

同时，还需进行增值税进项税额的转出处理。

因此，还需要在贷方记录：应交税费—应交增值税（进项税额转出）。

总结来说，管理不善导致的新购固定资产丢失，必须执行进项税额转出的处理流程。

另一方面，若固定资产因自然灾害而丢失，其账务处理则有所不同：

在这种情况下，只需将固定资产的损失记录在待处理财产损益中。

具体步骤为：

借方：待处理财产损益；

贷方：固定资产。

重要的是要注意，自然灾害造成的资产损失并不涉及增值税的进项税额转出。

通过上述分析，我们可以清楚地看到不同原因下固定资产丢失的会计处理方法及其差异。